Ah ok, c'est vrai que si tu demandes un 4/3 à virtualdub à partir d'un 16/9 il déforme l'image
Tu peux peut être essayer avec TMPGEnc (plutôt pour le mpeg) ou
virtualdubmod (que je trouve plus complet que virtualdub), ils ont tous les deux des options pour retirer les bandes noires mais je ne sais pas si tu obtiendra exactement le résultat que tu souhaites car cela fait longtemps que je n'ai pas pratiqué la compression vidéo et il me semble bien que la passage d'une vidéo déjà encodée en 16/9 vers un 4/3 ou l'inverse créé systématiquement une déformation, en tout cas quand l'encodage en DivX, Xvid ou autre format est déjà fait.
Tmpgenc permet, comme virtualdubmod, de sélectionner dans un cadre la partie de la vidéo que tu veux encoder donc il suffit (en théorie) de ne sélectionner que la partie que tu veux (une seule des bandes noires + la video si j'ai bien compris) pour obtenir le résultat souhaité...
Si ta vidéo est encore au format dvd, le logiciel
FairUse permet de faire ça sans trop de problème.